1256 ließ der bayerische Herzog Ludwig II. der Strenge seine Gemahlin Maria von Brabant wegen vermeintlicher Untreue enthaupten. 1263 gründeten Zisterzienser aus Aldersbach in Niederbayern auf dem „Feld des Fürsten“ das dem Herzog als Sühneleistung für seine Tat von Papst Alexander IV. auferlegte Kloster. In der Gründungsurkunde von 1266 wurde es von Ludwig großzügig mit Ländereien und Privilegien ausgestattet. Zwischen 1270 und 1290 entstand die erste Klosteranlage in Backsteinbauweise. Sie wurde in den folgenden Jahrhunderten immer wieder umgebaut, erweitert und renoviert. Der Herzog fand nach seinem Tod 1294 hier auch seine letzte Ruhe, die genaue Stelle seines Grabes ist heute jedoch nicht mehr bekannt.
Auch die Verbindung von Ludwigs Sohn, dem späteren Kaiser Ludwig dem Bayern, zur Sühnestiftung des Vaters war sehr eng, nannte er sie doch „monumentum paternae poenitentiae“ - „Denkmal väterlicher Bußgesinnung“. Am 11. Oktober 1347 starb er in der Nähe des Klosters unterhalb des Dorfes Puch auf der Bärenjagd. Sein Herz soll in Fürstenfeld begraben sein.
Die beiden Figuren am Übergang zum Chorraum der Kirche halten die Erinnerung an diese beiden Wittelsbacher lebendig und verdeutlichen das Gewicht und den Einfluss der bayerischen Herrscherfamilie in der Geschichte des Klosters bis zu seiner Aufhebung 1803.
Nachdem der Dreißigjährige Krieg Fürstenfeld großen Schaden zugefügt hatte, gelang es dem wohl bedeutendsten Abt Martin I. Dallmayr (1640-1690), die Voraussetzungen für einen inneren und äußeren Neubeginn zu schaffen.
1691 wurde der Grundstein für die barocke Klosteranlage gelegt, 1700 folgte der Baubeginn der Kirche.Architekt war der damalige Hofbaumeister der Wittelsbacher Giovanni Antonio Viscardi, der die Vorstellungen des Kurfürsten Max Emanuel von einem „bayerischen Escorial“ verwirklichen sollte. Am 16. Juli 1741 wurde die neue Kirche geweiht. Die Ausstattung, an der vor allem die Gebrüder Asam beteiligt waren, sollte sich noch weitere 30 Jahre hinziehen. Die Säkularisation von 1803 bedeutete schließlich auch für die Abtei Fürstenfeld das Ende.
Am 13. August 1816 wurde die ehemalige Klosterkirche durch König Max I. Joseph zur königlichen Landhofkirche erhoben. Die Konventgebäude werden seit 1817 auf verschiedene Weise genutzt: als Kaserne, Lazarett und heute als Polizeischule des Freistaates Bayern. Der Wirtschaftstrakt ist seit 1979 im Besitz der Stadt Fürstenfeldbruck.
Nach umfangreichen Sanierungs- und Restaurierungsarbeiten wurde die Kirche am 16. Juli 1978 durch den Erzbischof von München und Freising Joseph Kardinal Ratzinger, den heutigen Papst Benedikt XVI., feierlich wiedereröffnet. Sie gehört heute als Nebenkirche zur Pfarrei St. Magdalena Fürstenfeldbruck.